Впервые Албазин был упомянут в 1650 году, когда отряд русского первопроходца Ерофея Павловича Хабарова занял на верхнем Амуре городок даурского князя Албазы, имя которого впоследствии дало название острогу. Покидая городок в июне следующего года, Хабаров сжег его. В дальнейшем своими жестокими действиями на Амуре он восстановил против себя не только аборигенов края, но и самих участников похода, после чего был отозван из Даурии.
Созидательный этап в истории русского Албазина начался только в 1665–1666 годах, когда туда переселилась группа из 84 казаков во главе с Н. Р. Черниговским. Казаки поставили на месте Албазинского городища острог и взяли на себя функции сбора ясака с местного населения. Весь собранный ясак они исправно переправляли через Нерчинск в Москву.
Свое первое боевое крещение острог получил летом 1670 года, когда был осажден маньчжурами. Сведений об этом нападении почти не сохранилось. Известно только, что маньчжуры приплыли к острогу на судах, а позже по суше к крепости подошло конное войско. Осаждавшие соорудили возле острога земляной вал. Серьезность их намерений была очевидной, и в Москву поспешили доложить, что Албазин пал. Тем не менее острог выстоял.
В 1682 г. он уже стал центром самостоятельного уезда. К этому времени Приамурье, где успешно развивалось пашенное земледелие, постепенно превращалось в настоящую житницу для населения Забайкалья. От слияния Шилки и Аргуни вниз по Амуру до устья реки Зеи и по самой Зее располагалось более двадцати русских сельскохозяйственных поселений — слобод, ясачных зимовий и острожков.
В начале того же десятилетия маньчжурское правительство Цинской империи стало готовиться к агрессии в русском Приамурье. Присутствие русских первопроходцев в регионе лишало маньчжуров источников поступления ценной пушнины и препятствовало захвату местного населения в плен. Даурские и эвенкийские князья — Гантимур, Туйдохунь, Баодай и Вэнь-ду — добровольно перешли со своими людьми к русским, и маньчжуры не без основания опасались, что их примеру последуют и другие племена, причем не только левобережья и верхнего Амура, но и его правобережья.
В начале 1683 г. для укрепления обороноспособности забайкальских и даурских острогов Якутский, Иркутский, Илимский, Нерчинский и Албазинский уезды были объединены в Енисейский разряд и отданы в подчинение енисейскому воеводе. По государеву указу было велено набрать в Тобольске и других городах «конных и пеших казаков и стрельцов, и из их детей и братьи и племянников выбрать охочих 500 человек и послать в Енисейск… на подъем дать им по 50 рублей на человека да по пищале». Однако отряд во главе с енисейским сыном боярским Афанасием фон Бейтоном выступил в Даурию только осенью 1684 года.
Между тем еще предыдущим летом албазинские служилые и промышленные люди срубили новый острог, оградив стенами значительно большую, чем прежде, территорию. Сохранилось подробное описание острога, составленное в 1684 году воеводой А. Л. Толбузиным, именно на его основе и был воссоздан облик крепости.
Новые стены имели высоту 5,3 метра и были покрыты двойным тесом с зубцами. Северная стена острога имела длину 85 метров и заканчивалась квадратной (6,4×6,4 м) угловой башней, раскопанной археологами в 1989–1990 годах. Восточная стена делилась проездной башней (8,5×8,5 м) на отрезки 46 и 37 метров. Южная также имела проездную башню, но уже круглую, которая делила стену на отрезки в 32 и 43 м. Западная, береговая, стена длиной 97 метров включала в себя две башни, поставленные еще в 1960-х годах. Под этими башнями находились избы для аманатов (заложников), под которых собирали ясак.
В северо-западном углу острога размещался «государственный двор на приезд воеводам и приказным людям». Далее в описи отмечается, что «с трех сторон по острогу нарублены городни». Одно время считалось, что стену образовывали плотно примыкающие друг к другу срубы. Между тем при археологических раскопках было установлено, что стены острога имели конструкцию в виде тына — вертикально вкопанных в землю вплотную друг к другу бревен. Видимо, А. Д. Толбузин при составлении описи ошибся, назвав тыновые стены он назвал городнями. Это подтверждается дальнейшим текстом описи, где говорится о сооружении с внутренней стороны острога плетня шириной в аршин (0,71 м) и высотой в сажень (2,13 м), а на нем — «полатей» (боевых ходов), с которых открывался доступ к бойницам.
Кстати, с подобной ошибкой историки сталкивались при изучении Мангазеи: согласно «Расписному списку 1625–1626 гг.», городская стена состояла из городен, а при археологических исследованиях были обнаружены тарасы — две параллельные стены с перерубами.
Конструкционные особенности Албазинского острога в какой-то мере предопределили его судьбу. 12 июня 1685 г. маньчжурское войско численностью более 10 тысяч человек с двумястами пушками осадило Албазин. 16 июня был предпринят решительный штурм города. Ядра маньчжурских пушек легко пробивали стены и башни острога. Тем не менее, потеряв 100 человек из 450, албазинцы, имевшие в своем распоряжении только три пушки и около 300 пищалей, отбили приступ. После этого нападающие обложили стены города хворостом и подожгли. Огненные стрелы маньчжуров сожгли амбары и церковь, запасы пороха и свинца были на исходе. Воевода А. Л. Толбузин вынужден был начать переговоры о капитуляции.
Причиной столь быстрого падения Албазина явилось сооружение его стен не из городен а в виде тына. Такие стены надежно защищали первопроходцев от стрел «немирных» инородцев, с которыми столкнулось русское население в Сибири и на Дальнем Востоке но артиллерийскому огню противостоять не могли.
По условиям капитуляции, оставшиеся в живых албазинцы беспрепятственно ушли в Нерчинск, куда прибыли 10 июля «наги и босы и голодны», а уже 15 июля воевода направил в разведку на албазинское пепелище отряд из 70 казаков. Выяснив, что китайцы ушли, он послал туда пришедший наконец в Нерчинск отряд под командованием казачьего головы, поручика А. И. Бейтона, а затем и А. Л. Толбузина с албазинцами. Им было приказано построить новый острог или город. Острог возвели на прежнем месте, причем до морозов успели возвести «земляного города в ширину четыре сажени печатных, а в вышину полторы сажени печатных же». В июне 1686 г. строительство новой крепости было в основном закончено, и только башни покрыть не удалось, потому что 7 июля (по китайским источникам — 8 июля) маньчжуры вновь осадили город.
Третья осада Албазина продолжалась пять месяцев. В ходе нее 826 защитников крепости успешно противостояли 10 -тысячной армии противника. Маньчжуры окружили русское укрепление земляным валом, а севернее острога возвели раскат высотой 15 метров, с которого под руководством 20 голландцев-иезуитов беспрерывно обстреливали город из пушек. С южной стороны они пытались построить башню для тех же целей, но албазинцы первую из них сожгли, а вторую разрушили подкопом. Ответные подкопы под город маньчжуров успеха не имели. Пять раз албазинцы совершали вылазки из осажденной крепости. Особенно успешной была последняя, совершенная 16 августа, когда албазинцы пытались уничтожить северную батарею противника. На пятый день осады воевода А. Л. Толбузин был смертельно ранен, и командование острогом принял Бейтон.
Выполнить приказ императора маньчжуры не смогли, поскольку лед уже сковал их суда. Осада фактически продолжалась, ведь выходить из крепости русским нe давали. Только в мае следующего года, когда на Амуре сошел лед, маньчжуры отступили от города, но далеко они не уходили. Армия расположилась в четырех верстах от Албазина, чтобы помешать горожанам посеять хлеб. К этому времени неприятель потерял 2500 «воинских людей» и много вспомогательных рабочих.
И все же положение осажденных албазинцев было куда тяжелее. К декабрю их осталось всего 150 человек. Караульную службу могли нести лишь 30 мужчин и 15 подростков, остальные ослабели от ран и цинги. Несмотря на это, Бейтон отказался впустить в крепость маньчжурских лекарей. На Пасху он послал изумленным китайским воеводам пшеничный кулич весом в один пуд, который они «приняли с честью». Поняв, что русских не сломить, китайцы оставили острог в покое, при 10-и кратном превосходстве по людям и более чем 3-х кратном по артиллерии. Осада длилась почти пять месяцев. Китайцы несколько раз пытались взять острог штурмом, русские неоднократно делали вылазки. Среди осажденных свирепствовала цинга, от которой умерли более 500 человек. В конце концов, в остроге осталось 150 человек живых. Потери китайцев составили более 2500 человек. Кстати, среди них значительная часть погибла от голода — это к вопросу о «стратегической мудрости» китайцев.
Стоит подчеркнуть, что если с русской стороны выступали, по сути дела, иррегулярные части и добровольцы, то китайские отряды сам китайский император охарактеризовал как «лучшие маньчжурские войска».
К маю 1687 года в Албазине осталось в живых только 66 человек. Предать земле тела павших албазинцев без отпевания Бейтон не решился. По этому поводу он писал нерчинскому воеводе И. E. Власову: «И те умершие люди похоронены в городе в зимовье поверх земли без отпеву до твоего разсмотрению. А ныне я с казаками живу во всяком смрадном усыщении».
Похоронить павших албазинцев достойным образом возле церкви Воскресения, где в остроге находилось кладбище, Бейтону так и не удалось. Страшные свидетельства тяжелейшей осады Албазина были открыты в ходе археологических исследований острога. В 1991 году по краю речного обрыва городища археологами была найдена, а в 1992 году изучена небольшая (3×6 м) полуземлянка, которая превратилась в братскую могилу для защитников крепости. В ее углу хорошо сохранилась кирпичная печь размерами 1,5×2 м, вся остальная площадь помещения была занята аккуратно уложеными телами землепроходцев. Среди 57 погребенных были женщины и дети. Между останками двух албазинцев найдены наконечники стрел, еще несколько человек погибли от свинцовых пуль. При останках было обнаружено более 20 бронзовых и серебряных нательных крестиков, которые составили крупнейшую на сегодняшний день коллекцию этих предметов на Дальнем Востоке.
29 августа 1689 года в Нерчинске был подписан русско-китайский договор, по которому граница между двумя государствами проводилась по реке Горбица, впадающей с севера в Шилку. Албазинский острог оказался за пределами русской территории и подлежал уничтожению, а его жители — переселению. Правительство царевны Софьи решило поступиться Албазином и Приамурьем для заключения мирного договора с маньчжурским правительством Цинской империи.
31 августа глава русского посольства в Китае Ф. А. Головин послал Бейтону указ об оставлении и разорении Албазина, а 5 сентября маньчжурское посольство прибыло к крепости. Служилые люди на глазах послов и воевод сожгли деревянные строения острога и раскопали вал. После этого они на предоставленных маньчжурами лодках отправились в Нерчинск.
От укреплений Албазина последнего периода его существования практически ничего не осталось. А повторно русские вернулись на эти берега только в середине XIX века. В наши дни близ места, где стояла героическая крепость, находится небольшое село Албазино.